É possível indicar se a conta ou transferência está conciliada com o extrato bancário ou não, essa indicação pode ser realizada:
No pagamento de uma parcela de uma conta
O pagamento de uma despesa é explicado nesse artigo.
Nele você pode colocar se a conta está ou não conciliada, indicando ao final dela.

Após a conciliação a edição de parcelas/transferências só é possível se as mesmas forem desconciliadas.
OBS: Caso a parcela esteja conciliada, não é possível tirar o pagamento. Primeiramente, precisa tirar a conciliação para depois retirar o pagamento.
Na tela Extrato Bancário
É possível visualizar todas as contas e transferências que estão ou não conciliadas.

Também é possível selecionar se a conta está ou não conciliada. Vale lembrar que se a conta não tiver paga, o Aegro irá pagar automaticamente.
Explico melhor a aba Extrato nesse artigo aqui.
OBS: Ainda não é possível importar um arquivo OFX que concilia despesas e receitas.
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Caso continue com alguma dúvida é só entrar em contato conosco, estamos à disposição para ajudá-lo(a)!